Era il 1992 quando la squadra nazionale di calcio croata fu ufficialmente riconosciuta dalla FIFA. Due anni prima la Croazia aveva ottenuto l'indipendenza dalla Jugoslavia e nello stesso anno iniziarono a formare la nazionale di calcio.
La nazionale di calcio della Jugoslavia aveva raggiunto la finale degli Europei due volte negli anni '60, nonché ottenuto il terzo posto nella prima Coppa del Mondo del 1930.
Dallo scioglimento, la Croazia sarà la migliore squadra nazionale di calcio dell'ex Jugoslavia.

Nel 1990 la Croazia invitò a Zagabria la squadra nazionale degli USA a disputare una prima partita non ufficiale che fu vinta dai padroni di casa per 2-1. È però negli anni '90 la squadra croata inizierà a partecipare ai tornei più importanti.
Agli Europei del 1996 la Croazia sconfisse i campioni in carica della Danimarca prima di uscire ai quarti di finale contro la Germania.

Due anni dopo la squadra croata sarà la sorpresa dei Mondiali del 1998 in Francia. Annoverando in squadra giocatori come Zvonimir Boban, Robert Prosinečki e Aljosa Asanovic, la nazionale croata si ritrovò nel girone con Argentina, Giamaica e Giappone. Segnando nel 3-1 contro la Giamaica, Prosinecki diventò il primo giocatore a segnare ai Mondiali per due diversi paesi (Croazia e Jugoslavia). Con una vittoria contro il Giappone e una sconfitta per 1 a 0 contro l'Argentina, la Croazia si qualificò agli Ottavi di finale. I croati sconfissero quindi la Romania grazie a un gol di Suker e raggiunsero i quarti di finale contro la Germania.

Questa partita rappresentava l'occasione per vendicare i quarti di finale degli Europei del 1996. I tedeschi giocarono l'intero secondo tempo con un uomo in meno, a causa di un cartellino rosso, e la Croazia vinse 3-0. Vendetta compiuta.
Nelle semifinali contro la Francia (ospiti della competizione) Suker segnò  l'1-0 all'inizio della ripresa. Un minuto dopo la Francia segnava il gol per il pareggio e dopo quindici minuti il gol della vittoria che li porterà a vincere la finale contro il Brasile.
Quindi, alla loro prima partecipazione alla Coppa del Mondo, la Croazia vinse 2-1 la finale del terzo posto contro l'Olanda, ottenendo la medaglia di bronzo.
Šuker segnò in ogni partita (6), consacrandosi capocannoniere della competizione. Era un incredibile attaccante, forse il miglior finalizzatore in Europa tra il 1996 e il 1998.

La Croazia raggiungerà poi i quarti di finale di Coppa Europa nel 2008, perdendo contro la Turchia.

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